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预印本兴起正在重塑生命科学领域
来源:中国科学报      作者:宗华      时间:2017-10-17 00:00      关键词:

图片来源:DAVIDE BONAZZI/SALZMAN AR

2014年5月的一天,生物学家Nikolai Slavov在保加利亚看望父母,他坐在笔记本电脑前打开了名为bioRxiv的科学论文免费在线档案。随后,Slavov点击“上传”按钮,将撰写的论文草稿提交上去。

这篇论文涉及其在美国麻省理工学院的博士后研究工作,主题是细胞的蛋白质制造机——核糖体的多样化结构。Slavov说,对于分享尚未得到审稿人评议的发现,“我很激动,但也有点紧张”。

不过,他并没有担心太久。在几个小时内,论文草稿出现在网络上并且供全世界的人查看。几周内,文章被下载上百次并逐渐获得很多评论。它还为Slavov带来了工作机会。2015年7月,在这篇论文的同行评议最终版出现在《细胞报告》期刊上的数月前,他获得了东北大学的终身职位。

Slavov说,将论文初稿,或者说预印本贴到网上,“显然在我找工作时帮了大忙”。他还表示,自此以后发布到网上的6篇预印本助推了职业生涯的发展。科学记者报道了他的工作,同行向他寻求合作,期刊编辑邀请他提交论文。

Slavov代表了一场横扫生命科学领域的运动的前景。尽管近30年来物理学家一直在发表预印本,但很多生物学家刚刚开始广泛分享其未经评审的论文。这一转变之所以加快,部分原因在于知名科学家对于预印本发表的支持,以及纽约冷泉港实验室(CSHL)在2013年发起的非营利性预印本bioRxiv。如今,bioRxiv存放了1.5万余篇论文。不过,和在没有太多宣传或者争议的情况下起飞的物理学预印本相比,生物学向预印本的飞跃正在生命科学这个竞争激烈的领域激起强烈的热情。

为何生物学预印本现在起飞?

今天的繁荣酝酿已久。上世纪60年代,美国国立卫生研究院(NIH)向一群生物学家发送论文手稿的影印本。这个短命的项目启发物理学家在1991年成立arXiv。这是一个如今位于康奈尔大学的非营利性预印本服务器。1999年,诺贝尔奖获得者、NIH时任院长Harold Varmus提议为生物学领域设立类似服务器,但期刊出版商认为这是一个威胁。不过,2003年,arXiv开设了定量生物学专区。2007年,自然出版集团启动名为《自然科学进展》的服务器。在2012年被关闭前,它整理了2000余篇论文手稿。

这一概念真正获得广泛关注是在2013年11月。当时,CSHL发起bioRxiv,将其作为一种促进科学交流的方法。它的背后有CSHL支持,同时几十名志愿者承诺将自己的预印本发表在bioRxiv上并且帮助筛选提交的论文。最近,bioRxiv获得财力雄厚的陈—扎克伯格计划(CZI)的支持。CZI由“脸谱”共同创始人马克·扎克伯格和他的妻子、儿科医生普莉希拉·陈出资成立。

CSHL并非预印本的唯一推动者。其他服务器也在如雨后春笋般出现。

去年年初,一个名为ASAPbio的非营利性服务器在旧金山成立,并且开始部署预印本“大使”——向同行宣传该服务器的热心人。ASAPbio还举办关于资助者和期刊如何看待预印本等类似主题的会议。

与此同时,大多数研究资助者开始将预印本“合法化”。目前,英国医学研究理事会、惠康信托基金会、NIH以及霍华德·休斯医学研究所都鼓励受资助者在基金申请书中引用预印本而不只是经过同行评议的论文。CZI甚至将在论文被提交给期刊的同时发表预印本作为对受资助者的要求。

谁在发表生物学预印本?

很多科学家都在发表预印本。bioRxiv拥有1.1万余名通讯作者,其中56%来自美国以外的国家。上百名生命科学家在其他免费的非营利性以及PeerJ预印本等商业服务器上发表文章。诸如生物信息学、基因组学等计算领域的研究人员是bioRxiv的早期采用者。

神经科学家在迎接这项服务时比较迟缓,但目前该领域是bioRxiv的最大分类之一,占全部论文的15%。

一些预印本作者是拥有很多追随者的知名研究人员,包括布罗德研究所基因学家Eric Lander以及加州大学合成生物学家George Church和古DNA研究人员David Reich。预印本的粉丝还有:研究CRISPR基因编辑工具的两名领军者——来自布罗德研究所的张锋和来自加州大学伯克利分校的Jennifer Doudna。更多的支持者没有这么出名。根据自我描述,一名多产的bioRxiv作者(发表了7篇预印本)是印度一位独立的生物信息学研究人员,同时是一名和尚。

纽约洛克菲勒大学神经科学家Leslie Vosshall将自己描述为扩散预印本革命的“菲德尔·卡斯特罗”。她认为,主要有两类人欢迎预印本:处于职业生涯中期、有一定名气的科学家(他们能承担风险)以及愿意分享一切事情的“千禧一代”。

预印本服务器还成为对争议性发现寻求公开批评的研究人员的首选出口。来自CSHL的bioRxiv共同创始人John Inglis介绍说,期刊可能对发表这种对多数人持有的观点进行反对的研究并不感兴趣。同时,网络世界使快速反应成为可能:在基因组学先锋J. Craig Venter所在的圣地亚哥人类长寿研究所上个月发表文章称能利用DNA预测脸部后,批评者在1天之内作出了回应:在bioRxiv上发表了一篇预印本,对此项研究进行了猛烈抨击。很快,Venter在bioRxiv上发表另一篇预印本进行了回击。

你将获得什么?

预印本支持者表示,一个优势是你能在论文被同行评议的期刊接收的数月甚至几年前,便将其和同行分享。华威大学细胞生物学家Stephen Royle表示,这种速度有助于研究人员保持热情。“发表论文是一个如此漫长的过程,以至于等它出现在期刊上时,所有的兴奋通常都消失殆尽。”Royle认为,“在你仍然感到兴奋时,论文发表了。这是一种了不起的感觉。”一项对提交给arXiv的论文进行的研究发现,对一项发现的早期关注会在随后获得回报:最终在期刊上发表的预印本似乎被引用得更快。

为最新发现获得时间戳记也形成了部分吸引力。诸如bioRxiv、PeerJ预印本等服务器会为提交的论文提供发表日期和数字对象标识符,本质上是为建立优先级树立一面旗帜。与此同时,“这也引发了一些困扰,因为我们并未真的拥有决定谁应当对某项发现获得优先权的标准。”塞恩斯伯里实验室植物病理学家Sophien Kamoun表示,“一些人坚持认为,首先在同行评议期刊上发表论文更加重要。”

由于预印本可被引用,因此它们能帮助年轻科学家迅速建立学术记录。这会让正在寻求资助或者工作的人受益。预印本作者可能收到对其研究产生兴趣的期刊编辑的来信:一些编辑会浏览bioRxiv寻找论文。

有时,预印本会促进健康的竞争。看到有个团队发表了关于基因改造蚂蚁的预印本后,Vosshall对其进行了引用。另一个开展类似工作的团队看到了这篇论文,并且很快发表了自己的预印本。两个团队将它们的论文提交给《细胞》杂志,而后者在上个月将两项研究一起发表。

预印本还能促进合作。3个研究相同细胞蛋白的团队同意协调预印本的发表时间,从而使它们在一两天内依次出现在bioRxiv上。

加州大学旧金山分校生物化学家Adam Frost介绍说,3个团队在一次会议上对彼此有了了解,并且认定同时发表预印本“是最公平的”。(宗华编译)